De Waalse Kerk is gebouwd in de eerste helft van de 15e eeuw. Het gebouw is opgetrokken in Gotische stijl en had voor 1860 een tussenverdieping, rustende op tweemaal vier pilaren.

Het is het enige overblijfsel van een klooster, dat zich rondom deze kapel uitstrekte. Dit klooster van de zusters des Gemene Leven was aan Maria gewijd en werd geinspireerd door de Moderne Devotie, waarvan Geert Groote (1340-1384) de grondlegger was. De zusters verhuizen in 1428 naar een plaats buiten de stad, Bethanië. In datzelfde jaar wordt het klooster betrokken door de Agnietenzusters.

Over het religieuze leven van deze zusters was tot voor kort helemaal niets bekend. Pas recent is van een paar belangrijke handschriften komen vast te staan dat deze zijn geschreven in het Arnhemse klooster. Langs de omweg van de studie van de Arnhemse handschriften verdwijnen de nevelen van de tijd die het leven van de Agnieten verhulden.

Langzamerhand ontdekken we dat het Agnietenklooster niet zomaar een klooster was, maar een centrum van intens beleefde mystiek en spiritualiteit.

In de vroege zestiende eeuw kwam hier gepassioneerde mystiek tot bloei na het kille ascetisme en moralisme van de vijftiende eeuw. Sint Agnes was een oase van verstilde inkeer in een tijd dat godsdiensttwisten het land in de greep hielden. Het geestelijk leven in Sint Agnes stond op zo'n hoog peil dat het een inspiratie vormde voor groepen van bevlogen religieuzen elders in de Zuidoostelijke Nederlanden en het aangrenzende Rijnland.

De geleefde spiritualiteit van vrouwen in Arnhem genoot de aandacht en bescherming van mannelijke voorvechters van Katholieke Hervorming tot in Den Bosch en Keulen toe. De teksten die in Sint Agnes werden geproduceerd en de mystieke cultuur die ze genereerden, vormen sinds kort het onderwerp van een onderzoek dat aan de universiteiten van Antwerpen en Leuven wordt uitgevoerd.

Toen de reformatie zijn intrede deed en het Calvinisme grote invloed kreeg, braken er voor de kloosterzusters moeilijke tijden aan. Ze mochten geen erediensten meer houden, geen nieuwe zusters aannemen en het was verboden een habijt te dragen. Om het verlaten van het klooster te stimuleren kregen zusters, die wel wilden trouwen maar niet over voldoende geldmiddelen beschikten, een premie van het stadsbestuur!

In 1636 is het klooster uitgestorven. De lege gebouwen worden aan de bewoners van het St. Catharinagasthuis toegewezen. Dit gasthuis, in de Bakkerstraat gelegen, was te klein en bouwvallig geworden. De St. Agnietenkapel heet nu Gasthuiskerk.

In de voormalige kloostergebouwen worden niet alleen bejaarden gehuisvest, maar ook gewonde soldaten en lijders aan de pest. Aan arme vreemdelingen op doorreis geeft men onderdak.

Vanaf 1751 houdt de Waals-Hervormde Gemeente van Arnhem (opgericht 1684) haar diensten in deze kerk. Van 1794 tot 1797 en in 1813 wordt de kerk ingericht als hospitaal. In 1860 besluit de kerkeraad van de Waals-Hervormde Gemeente de kerk aan te kopen. Door sloop van de belendende percelen komt de kapel vrij te staan. Een belangrijke en ingrijpende verbouwing o.l.v. architect Eberson vindt plaats.

Aan de zijde van het koor wordt een achthoekige consistoriekamer gebouwd. Door een dubbele deur achter de preekstoel komt men in de kerk. De buitenzijde van de kerk wordt bepleisterd. Het kerkgebouw ondergaat sindsdien geen grote wijzigingen tot het bombardement van september 1944 het verandert in een ruïne. Slechts de muren blijven overeind.

Toch besluit men het te restaureren, waarbij de voorgevel in de stijl van de Delftse school wordt opgebouwd.

Aan de rechterkant van het gebouw is in het metselwerk van de kloostermoppen de doorgang tot de kloostergang nog te onderscheiden.